رئیس وقت مجلس شورای اسلامی ایران پس از ارتحال آیت‌الله‌العظمی خوئی، ضمن تجلیل از مقام شامخ ایشان، درباره مبارزات آن مرحوم در مجلس گفت:«در طول حیاتشان بارها مورد فشار و آزار حكومت‌های جابر مسلط بر سرزمین مظلوم عراق قرار گرفته است. در جریان انتفاضه اخیر شیعیان، در واقع رهبری این امر را این عالم عالیقدر با تشكیل شورای انقلاب و رهبری به عهده داشتند با آن كهولت سن كه این انتفاضه با قساوت بی‌نظیر حكومت بعث عراق و سكوت كاملاً معنادار مجامع جهانی روبه‌رو و سركوب شد، ایشان مورد اهانت، تحت فشار و بازداشت قرار گرفت و این تضییقات، تحت فشار و بازداشت قرار گرفتن‌ها تا لحظه ارتحال ایشان ادامه داشت.» وی در ادامه می‌گوید:«آنطور كه من شنیده‌ام متأسفانه رژیم بعث عراق این قساوت را در برخورد با جنازه ایشان نیز تكمیل كرده است. اگر خبرش درست باشد حتماً اجازه تشییع جنازه این عالم عالیقدر را هم نداده و چنین برخورد وقیحانه‌ای را روا داشته‌اند كه خود اهانت بزرگی به عالم تشیع و جهان اسلام است.»
1ـ تحت نظر قرار گرفتن ایشان در منزل مسكونی‌شان و ممنوعیت دیدار اعضای خانواده و نزدیكان با ایشان. 2ـ بازداشت تنی چند از افراد خانواده و نزدیكانشان. 3ـ مصادره بسیاری از مؤسسه‌های مربوط به ایشان از سوی دولت. 4ـ تخریب مدرسه تحقیقات مذهبی آیت‌الله‌العظمی خوئی كه در برگیرنده یكی از بزرگ‌ترین كتابخانه‌ها در نجف اشرف بود. 5ـ اعدام چند نفر از افراد خانواده‌شان از جمله سید‌محسن و سیدحسین در تاریخ 1991/1/9 6ـ جلوگیری از سفر ایشان به خارج به‌منظور معالجات پزشكی در چندین نوبت. 7ـ بازداشت ایشان و وادار كردنشان به ملاقات با صدام و ظاهر كردن ایشان در صفحه تلویزیون در تاریخ 20 مارس سال 1991. 8- جلوگیری از اعزام تیم‌های پزشكی از سوی سازمان‌های بین‌المللی بی‌طرف به‌منظور معالجه ایشان. 9ـ زیر نظر قرار دادن نمایندگان ایشان در شهرها و مناطق مختلف عراق و بازداشت بسیاری از آنان. 10ـ جلوگیری از ادامه فعالیت‌های مذهبی و علمی به دستور شخص صدام. 11ـ شایع كردن تبلیغات مغرضانه به‌منظور ایجاد شك و شبهه نسبت به شخصیت ایشان.
